本路線提供龍門居、新屯門中心、蝴蝶邨、湖景邨及兆禧苑往返九龍灣商貿區及觀塘商貿區的巴士服務，回程加停龍翔道近沙田坳道（黃大仙），於2015年12月28日起投入服務，為屯門南居民及屯門公路轉車站轉乘客提供特快前往九龍灣商貿區及觀塘商貿區上班的服務，初時袛在星期一至五早上繁忙時間提供服務。

九巴及運輸署於《2014-2015年度屯門區巴士路線發展計劃》，因應屯門碼頭一帶往返南九龍及荃灣的早晨特別線的客量受屯門公路轉車站影響而進一步下跌，建議取消259C、259E線，同時因應九龍灣及觀塘一帶商貿區不斷發展，尤其是九龍灣商貿區遠離鐵路及觀塘道，建議利用259C、259E線騰出的資源，仿效北區的T277線及元朗區的268P線，開辦一條由屯門公路轉車站直達九龍灣商貿區及觀塘商貿區、觀塘碼頭的259X線（即本路線），同時亦將259D線早上繁忙時間部份班次改為途經九龍灣商貿區並以觀塘碼頭為總站的特別班次，兩者由屯門公路轉車站起不停站直達九龍灣商貿區，並取道啟祥道、宏光道、常悅道及偉業街，方便屯門區乘客前往九龍灣及觀塘商貿區一帶，以節省下車後步行或轉乘其他交通工具前往最終目的地的時間。

翌年《2015-2016年度屯門區巴士路線計劃》，則因應屯門區議員及地區人士的意見而作出修訂，建議本路線增設一班由龍門居開出的班次，並於屯門公路轉車站設定時點，以取代原計劃259D線早上繁忙時間部份班次改為途經九龍灣商貿區並以觀塘碼頭為總站的特別班次的建議。最後修訂後的改動建議得到落實，於2015年12月28日起開辦本路線，最終的實施方案為龍門居開出班次由一班增至兩班。

隨後於《2016-2017年度屯門區巴士路線計劃》，九巴及運輸署則建議本路線增設黃昏回程服務，方便於九龍灣商貿區及觀塘商貿區上班的屯門居民可直接乘搭，而不需步行一大段路前往觀塘道乘搭259D線。建議獲屯門區議會交通及運輸委員會通過後，由2016年12月30日起增設一班黃昏回程服務，回程並加停龍翔道近沙田坳道巴士站，及提供屯門公路轉車站轉乘服務，2017年4月24日起增至兩班回程。同年8月28日起，原於屯門公路轉車站開出的0745班次，歸入常規班次，延長由龍門居開出（此項改動為《2017-2018年度屯門區巴士路線計劃》之建議）。

因應屯門市中心、安定／友愛、豐景園一帶居民前往九龍東商貿區的需求，九巴及運輸署於《2020-2021年度巴士路線計劃》內，建議本路線加開一班特別班次，由龍門居開出，經皇珠路、屯門市中心、安定／友愛及豐景園，然後依本路線相同走線前往九龍灣商貿區及觀塘商貿區，並停靠屯門公路轉車站，以觀塘碼頭為終站。建議經屯門區議會交通及運輸委員會商討後，該項特別班次獲獨立編號為259S，原擬於2022年2月14日起投入服務，不過因新型冠狀病毒疫情，結果要延遲至同年5月3日才正式投入服務。

由於本路線深入九龍灣及觀塘商貿區心臟地帶，為乘客節省了乘搭接駁巴士及步行時間，而且去程於畢架山花園至彩虹路段不設巴士站，比主線259D線更快捷，但收費比起259D線為高，有別於268C線類似的特別班次268P線（兩者收費相同），而本路線在九龍灣商貿區的走線是由啟祥道起取道宏光道，有別於取道宏照道的另外兩條專門服務該帶的繁忙時間特別線268P及T277線。

觀塘碼頭開，經：
偉業街，基業街，海濱道，宏照道，啟祥道，偉業街，觀塘道，龍翔道，呈祥道，支路，青葵公路，長青隧道，長青公路，青衣西北交匯處，青朗公路，屯門公路，屯門公路轉車站，屯門公路，海皇路，湖景路，湖翠路及龍門路。

宏光道(臨華街遊樂場)開（特別班次），經：
宏光道，常悅道，常怡道，宏照道，啟祥道，偉業街，觀塘道，龍翔道，呈祥道，支路，青葵公路，長青隧道，長青公路，青衣西北交匯處，青朗公路，屯門公路，屯門公路轉車站，屯門公路，海皇路，湖景路，湖翠路及龍門路。