本路線提供粉嶺皇后山邨、山麗苑、沙頭角公路（軍地、坪輋、馬尾下）往返青沙公路轉車站、西區海底隧道、上環、中環、政府總部／金鐘的過海巴士服務，去程以中環（香港站）為終站，回程由北角碼頭開出，並途經天后、銅鑼灣及灣仔，為《2020-2021年度巴士路線計劃》建議的全新招標路線，於2022年1月26日起投入服務，以配合皇后山邨首期及山麗苑落成入伙，初時由皇后山單向開往中環（香港站），袛於星期一至五早上繁忙時間由皇后山開出一班。

位於粉嶺軍地的前皇后山軍營，原為駐港英軍營房，殖民地政府於1992年10月撥予香港警察作為辦公用途及提供設施予多個警察單位使用，其中包括警犬隊及警察搜查隊。2001年，警犬隊及搜查隊遷出，自此該軍營一直丟空。2008年，皇后山軍營於被納入香港政府勾地表中，初時被劃為為綜合發展區，作為低密度住宅發展。不過到了2010年2月，政府宣佈計劃於皇后山軍營興建一所設有宿舍的私立專上教育院校，並且將其從勾地表中剔除。翌年教育局接收到9份意向書，惟政府一直未有批出土地。由於該土地只有一條道路（龍馬路）出入，需要動用約10億港幣作平整地盤及更改興建工程，政府估計申請於此處辦理教學的團體未必願意動難用此筆大額資金。

最終經過多年討論，2015年政府向城市規劃委員會提交分區規劃大綱圖修訂，建議把前皇后山軍營部分土地改劃為「住宅（甲類）」，預計可興建約12000個公營房屋單位，另建議在東面的一塊土地改劃為「住宅（乙類）」，預計可興建約1900個私人住宅單位。翌年公營房屋部份正式動工，包括7座公屋及6座居屋，分別命名為「皇后山邨」及「山麗苑」，擬於2021年落成入伙。

為配合皇后山公營房屋發展帶來的人口增長，運輸署於《2020-2021年度巴士路線計劃》中，建議開辦四條全新巴士路線，其中兩條為往返皇后山至中環（香港站），取道沙頭角公路（軍地、坪輋、馬尾下）、香園圍公路（龍山隧道）、吐露港公路，然後分別取道大老山公路、東區海底隧道及青沙公路、西區海底隧道往返港島，前者取道北角、炮台山、天后、銅鑼灣及灣仔，後者取道上環、中環、添馬／金鐘一帶，兩線均建議星期一至五早晚繁忙時間各開出一班單向服務。

經過公開招標程序，運輸署於2021年6月21日宣佈，四條全新皇后山對外巴士路線均由城巴投得，其中取道青沙公路及西區海底隧道的本路線獲命名為979。皇后山邨首期及山麗苑於2021年11月陸續落成入伙，但要到2022年1月26日，皇后山公共交通總站啟用，本路線才正式投入服務。路線正式開辦時，只提供去程服務，直至2022年7月18日起才增設一班回程服務。往皇后山方向，駛至龍馬路東行後，會先駛入皇后山公共交通總站停靠，然後沿經龍馬路東行駛至山麗苑對出的巴士站（位於龍馬路西行線），再沿龍馬路西行轉入皇后山公共交通總站結束車程。本路線並提供多達106條新巴及城巴路線的轉乘優惠，方便透過轉乘前往港島其他地區，並打破城巴過海路線933及976線提供102條轉乘路線的紀錄，成為香港提供最多轉乘優惠的專營巴士路線。

本路線和679線均服務中環及金鐘一帶，惟679線黃昏的開車時間較夜，未能配合下班繁忙時間的高峰期，以致回程班次客量偏低。為改善營運效率，城巴及運輸署於《2025-2026年度巴士路線計劃》中，建議679線取消黃昏繁忙時間服務，由本路線黃昏班次延長由北角碼頭替代，取道英皇道、高士威道、怡和街、軒尼詩道及金鐘道後返回原有走線，不再經中環（香港站）及金鐘道（東行）。建議經北區區議會交運會討論後得到落實，於2025年11月24日起實施，本路線黃昏回程班次延長由北角碼頭開出，替代679線黃昏回程班次。

本路線投入服務後，成為城巴第二批投入服務的皇后山巴士路線之一，同時成為首批服務沙頭角公路（新圍軍營至磚窰）的過海隧道巴士路線之一（另一條為往返北角、炮台山、天后、銅鑼灣、灣仔及香港站的679線）。受標書規定所限，本路線派車指定為配置歐盟六型引擎及設有雙輪椅停泊位之富豪B8L 12米（8806-8845／521XX）及Enviro500 MMC 12米（8547-8557）。本路線也是繼79X線後，第二條駛經青沙公路（沙田段），並於青沙公路轉車站設置巴士站的城巴獨營路線。

按此處進入2025年11月24日前的城巴979線

皇后山開，經：
龍馬路，迴旋處，龍馬路，沙頭角公路，香園圍公路，粉嶺公路，吐露港公路，大埔公路，青沙公路，荔寶路，連翔道，西區海底隧道，干諾道西，干諾道中，林士街，德輔道中，畢打街，干諾道中，夏愨道，添美道，立法會道，龍和道，民祥街，支路及民祥街。