本路線提供元朗市中心、形點往來港島西營盤、上環、中環、金鐘、灣仔、銅鑼灣及天后的過海隧道巴士服務，然而元朗區的過海隧道路線，早於1993年已提供服務。

1993年6月15日，九巴開辦早晨特快過海線368，成為首條新界西北區的過海路線，早上07:10由元朗（西）開出，經新田公路、粉嶺公路、吐露港公路、大老山隧道、觀塘繞道、東區海底隧道、東區走廊，總站位於上環，成為當時全港最長的專利巴士路線，全程60.8公里，不過此紀錄維持不足一年，1994年5月31日369線投入服務後便以全程65.1公里的紀錄打破。當時收費$18.00，相比城巴911R線（元朗鳳翔路往來中環，已取消）的車費$28.70顯得特別便宜，因此深受元朗區居民歡迎。

由於368線的路線很長，若全日服務毫無經濟效益，因此長久以來元朗區居民在368線服務時段以外，一向都是乘搭68M線前往荃灣地鐵站轉乘地鐵，或者乘坐輕鐵到屯門碼頭轉乘渡輪往來港島，直至960線（建生←→灣仔碼頭）於1997年5月1日配合西區海底隧道通車而投入服務，不少元朗區居民到屯門乘搭960線過海，令其過份飽和，原本本路線是要待三號幹線（大欖隧道）通車才開辦，但新界西區往來港島需求殷切，便提早於1997年10月19日起投入服務，途經元朗公路及屯門公路，並提供全日服務。

1998年5月26日起，配合三號幹線郊野公園段通車，本路線來回程改經大欖隧道、汀九橋及長青隧道，不再經屯門公路及荃灣路，並降低全程收費（初時原本計劃車費仍為$21.40，但因城巴決定於大欖隧道通車當日同樣改經該隧道的969線全程收費由$21.40調低至$20.70，本路線便跟隨減價），令行車時間大為縮短，加上先後提供接駁九巴大欖隧道巴士路線往來新界西北其他地區以及北區的服務，受歡迎程度進一步增加繼68X線後成為第二條元朗區皇牌路線。而另一邊廂的368線，因本路線的出現，乘客大量流失，於1998年9月21日起停止服務。

2003年5月4日起，本路線往銅鑼灣方向，加停干諾道西近西區公園巴士站，由於巴士在駛出該站後無法折回干諾道中，因此需繞經西消防街，成為首條有如此安排的西隧過海路線。雖然九廣西鐵（現稱港鐵西鐵線）於2003年底通車後，客量或多或少受到影響，但由於乘搭港鐵需要多重轉車，而且車費較高，本路線顯得直接方便，因此影響只是輕微，故繁忙時間最密達三分鐘一班；而週末傍晚起大部分往元朗（西）的班次於中環開始便已告頂閘，無力接載上環一帶的乘客，可見客量高企。本路線的服務時間亦相當長，銅鑼灣（天后）開出的尾班車於凌晨00:40開出，比港鐵天后站尾車23:42為長，該段時間正是通宵巴士路線客量最高的時候，元朗居民仍然不需乘搭昂貴的通宵巴士返回居所。

2008年10月27日起，原有由御豪山莊開出，途經元朗公路的早晨特別班次（該早晨特別班次於2001年4月10日起增設，2003年7月21日起改經朗天路及元朗公路），總站遷往元朗公園，並改經元朗南（馬田路、馬棠路、大棠路及十八鄉路），成為繼原九巴56線（元朗西至大棠）於1988年8月8日因輕鐵專區實施而交予九鐵經營後（現時改由港鐵經營，即港鐵巴士K66線）後，再次有九巴巴士路線服務十八鄉一帶，不過只是過海隧道路線。後為配合元朗南部發展，私人屋苑翹翠峰及原築相繼落成入伙，2009年8月17日起，特別班次改經欖口村路及全段十八鄉路，不再經馬田路、馬棠路及大棠路。

由於客量一直都維持高水平，九巴亦相當重視這條皇牌路線，一直以來都是使用最新的車型，一開線便採用「丹尼士巨龍十二米」以及「富豪奧林比安十二米」服役，九巴「超級富豪」落地，本路線立刻使用該款巴士行走，踏入廿一世紀，多款全新雙層低地台巴士，包括Neoplan Centroliner（AP）、Enviro500低地台「超直」巴士（包括第一代ATE及歐盟四型引擎的ATEU）及Enviro500車身的富豪B9TL低地台空調巴士（AVBE）、配置歐盟五型引擎的Wright Eclipse Gemini 2車身富豪B9TL（AVBWU）亦先後引入本路線服役，後三者更採用直梯設計，方便乘客往來巴士上下層，進一步提升本路線的服務，2013年起因該款巴士安裝閉路電視關係，全線採用後者巴士行走，直至2013年5月19日因輔助線968X加強服務，加入三部富豪超級奧林比安12米（3ASV）作掛牌。

2013年9月起，本路線開始引入Enviro500 MMC 12米（ATENU）及2013年高載客版Wright Eclipse Gemini 2車身富豪B9TL（AVBWU）作掛牌車，進一步提升本路線的服務水平。全港唯一一部及全球首部採用直梯上落的Neoplan Centroliner N4426（MAN A34）低地台空調巴士（APM1／LE4612）曾為本路線常用車，2015年10月31日起更成為本路線掛牌，不過由於政府於同年12月31日起於中環、旺角及銅鑼灣實施「巴士低排區」，規定歐盟四型以下之巴士「禁足」低排區，而本路線途經銅鑼灣及中環低排區，但APM1只有歐盟三型引擎，因此在低排區規定之下，不能再駛入該等路段，因此在APM1上掛本路線10天後就被調走，由一輛Enviro500 MMC 12米（ATENU777／TT9613）取代原字軌。

2016年，富豪車廠決定開發B9TL的後繼車款B8L，採用符合歐盟六期廢氣排放標準的D8K柴油引擎，及改以中軸為驅動軸，為富豪車廠首款以中軸驅動的雙層巴士。同年12月17日，首輛樣版車於北愛爾蘭富豪車廠正式亮相，為九巴訂購的首輛富豪B8L 12米巴士，於2017年1月22日以運車船Capricornus Leader運抵香港，隨即於香港不同地區進行試路。2017年5月11日，九巴正式向外界發表該輛巴士，巴士被裱上獨特的「NEW」綠色宣傳廣告，象徵該輛巴士成為香港首輛配置歐盟六型引擎的雙層柴油動力巴士。該車於四天後（5月15日）出牌，編號定為AVBWL1／UU9280，於同年5月19日晚上首航本路線工程部字軌（968-N01），並於六天後（5月25日）上掛本路線，與同日加入的一輛富豪B9TL（AVBWU406／TJ652）作平行測試以評估行車表現，成為香港首條引入歐盟六型引擎巴士作掛牌車的專營巴士路線。該車於本路線測試約一個月後，於同年7月7日調往荔枝角（L）廠，並於翌日上掛6C線作測試。

2016年5月3日，本路線加入一輛調自荔枝角車廠（L）、前279X線掛牌車的Enviro500 MMC 12.8米（3ATENU37／TY2057）替代原有一輛Enviro500 MMC 12米（ATENU178／SJ6871），其後於同年6月再引入四輛全新出牌的同款車款（3ATENU55-58），為繼73X、B1、263、279X線後第五條引入12.8米巴士作掛牌車的九巴路線，亦是港島區首條使用這個型號巴士的九巴獨營過海路線。其後，九巴於2017年11月加訂375輛Enviro500 MMC，其中70輛為12.8米版本，有別於過往以散件（Completely-knocked-down，CKD）形式付運的安排，此批次改以整輛完成裝嵌的形式交付（Completely Built Up，CBU）。該批巴士除塗上全新的「城市脈搏」塗裝外，其餘規格與同期採購的12米用車雷同，成為首批配置該款塗裝的12.8米巴士。該批巴士於2018年6月底陸續出牌，編號為3ATENU153-222，其中3ATENU155／VN2723於2018年6月26日首航本路線，隨後本路線的12.8米掛牌車陸續上掛24輛配置該款塗裝的Enviro500 MMC 12.8米（3ATENU153-165、167-168、179-187），成為首條引入該款塗裝12.8米巴士的九巴路線及過海隧道路線。

九巴於2018年7月再加訂34輛Enviro500 MMC 12.8米（其後訂單增至90輛），該批巴士採用Cummins L9九公升340匹歐盟六型引擎，增設電子穩定控制系統（Electronic Stability Program，ESP），以保持車身平穩；樓梯採用玻璃設計，於樓梯旁有玻璃幕牆（類似富豪B8L量產版（V6B）的玻璃幕牆樓梯），並採用富豪B8L量產版（V6B）相同的塗裝，車隊編號摒棄以往同款巴士採用的3ATENU，改用全新的E6X系列。該批巴士於2019年4月起陸續抵港，入籍屯門車廠（Ｕ）的同款巴士（初時為E6X16、17，後來被採用白色字體電牌的同款巴士E6X27、28、32取代）於同年9月上掛本路線，成為元朗區首條上掛歐盟六型12.8米巴士的九巴路線，也是第二條過海隧巴路線引入該車款者（首條為307線），部分原有12.8米紅色車身同型號車款被調往259D及268C線。2020年7月，九巴加訂的歐盟六型引擎Enviro500 MMC 12.8米（E6X）的較新批次（E6X91-194），部份巴士上掛本路線。

現時本路線共獲派38輛雙層巴士作為掛牌車，為九巴第三多用車的路線（僅次於277E／277X線及74X線），同時為用車最多的九巴獨營過海路線，及單一車廠派車路線計之最多派車的九巴路線。荔枝角車廠（L）雖不設掛牌車行走本路線，但逢平日晚上的N241及N269線部份字軌需柯打本路線一單往元朗（西）。本路線的銅鑼灣（天后）總站，根據2015年12月31日前的區議會分界，屬於港島東區，不過由於總站很接近銅鑼灣市中心，一般市民都不會把該總站當作東區。隨著立法會於2014年1月22日通過《2013年區議會條例（修訂附表1及3）令》，將天后選區（C16）及維園選區（C18）由東區撥入灣仔區，以落實在第五屆區議會調整東區與灣仔的地方行政區分界，改動於2016年1月1日第五屆區議會運作時生效，此總站當日起改為屬於灣仔區。