本路線提供屯門市中心、友愛、安定、兆麟苑往來黃大仙、新蒲崗、九龍城、土瓜灣的巴士服務，早在二十世紀八十年代初，九巴提議開辦新路線往返屯門及九龍城碼頭，為九龍市區遠離地下鐵路網絡的地區提供遠郊接駁服務，亦方便屯門區乘客往返黃大仙與新蒲崗。本路線在計劃時曾稱為「61A」和「60A」，擬於1985年7月投入服務，最終延遲近一年，於1986年4月7日起投入服務，1995年4月25日增派空調巴士行走，1998年8月18日起改經汀九橋、長青隧道及青葵公路，以縮短行車時間，2002年10月19日起改為全空調服務。初期總站位於屯門市中心，但以屯門市中心為總站的巴士路線愈來愈多，加上亦有不少路線途經，令本路曾經有一段日子在總站不能停在車坑上客，需在總站內的外圍上客，2004年2月8日起延長屯門西鐵站（現稱屯門站），舒緩屯門市中心總站的擠迫情況，亦把服務範圍擴展至新墟一帶。

本路線是屯門區以至整個新界西北第一條巴士線往來九龍中及九龍東南區，路線直接使本路線備受乘客歡迎，由於本路線乘客主要是往來黃大仙及新蒲崗為主，前往九龍城及土瓜灣的乘客不多，258D及259D線相繼全日服務後，屯門區居民有更多選擇，導致本路線客量下跌，不過車費比62X及259D線便宜，吸引部份「一定要搭平車」的乘客乘搭，而本路線往九龍城方向繞經鑽石山龍蟠苑及往屯門方向下元嶺一段的彩虹道，亦正好彌補62X及259D線的不足，不過卻有不少乘客對此收費安排感到不滿。

為配合屯門公路轉車站（南行）啟用，本路線於2012年12月26日起往九龍城碼頭方向停靠該站，成為首批停靠該轉車站的巴士路線之一，方便屯門其他地區乘客於該轉車站接駁本路線前往黃大仙、新蒲崗、九龍城及土瓜灣區。2013年7月27日屯門公路轉車站（北行）啟用，往屯門方向亦加停該站（上車點位於屯門公路兄弟橋側），並增加轉乘優惠。

九巴及運輸署於2014年4月的「屯門區區域性巴士路線重組」（即《2014-2015年度屯門區巴士路線發展計劃》），建議66M線與輔助線66P線合併，來回程改經青雲路及皇珠路，不再經杯渡路、屯門站及屯門市中心（即屯門區內依66P線相同路線行走） 。為配合該項改動，屯門站往返荃灣的服務由60M線延長至該處替代，本路線總站則遷往屯門市中心。建議經屯門區議會交通及運輸委員會多次討論後獲通過，並於2014年10月11日起實施相關改動，本路線與60M線的總站互調，回歸遷出已10年的屯門市中心總站，以騰出屯門站車坑供60M線遷入。但此項改動令原有於新墟一帶乘搭本路線的居民，需步行往屯門市中心巴士總站乘搭，或於屯門站乘搭60M線轉乘本路線出入。  

最初本路線以「雞」（G）、「鴨」（N）為主力車隊，後來九龍灣廠改派丹尼士統治者（DM）服務，但本路線用車方面的進展卻很慢，於1993年「開龍」（S3N）落地時，曾一度引入多部行走，可是由於當時九龍城碼頭總站45線停車坑旁的通道難以讓11米或以上三軸巴士通過，故不久本路線原有的「開龍」大部份被調走，只留下兩部（S3N342／FZ7574、S3N324／FZ7937），該兩部三軸車在九龍城碼頭須要泊在現時6C線停車坑對出（當時屬6F線泊位路邊），開車時站長需要提醒在本路線九龍城碼頭月台候車的乘客行出去上車，其餘則以利蘭9.9米（BL）及都城嘉慕（M），及九龍灣廠丹尼士統治者 （DM）服役。直至1995年九龍城碼頭改善工程完成，將原有45線月台拆掉改成孖坑闊度通道，加上利蘭勝利二型被屯門區議員指極速過低，影響屯門公路巴士專線運作，而需撤離屯門公路後，本路線才重新獲派多部三軸巴士行走，兩軸巴士亦全面撤退本路線，改派十一米的「開龍」、「老虎豪」及空調巴士繼續服務。

九巴在2016年購入新一批猛獅MAN A95 ND323F 12米量產版（AMNF），本路線於2016年11月18日起引入一輛（AMNF3／UK8591）作掛牌，後來更引入多輛同款巴士（AMNF8-10、15-20），曾一度停牌的同款巴士樣版車（AMNE1／TP1095）於2016年12月復出後，隨即上掛本路線，令猛獅巴士再度於本路線出現。2017年下半年，因應68X線加入多輛「城市脈搏」塗裝的Enviro500 MMC 12米（ATENU），268C線需要接收原屬該線配金色塗裝的Enviro500 MMC 12米，部份車隊調配到本路線，令原有在本路線的猛獅MAN A95（AMNF）調至66X線。2019年5月，因應260X及265B線加入多輛富豪B8L（V6B），再將部分Enviro500 MMC 12米調配到本路線，令餘下的猛獅MAN A95 12米（AMNE、AMNF）調撥至66M線，不足一星期已全線改派上述2條路線配「城市脈搏」塗裝的Enviro500 MMC 12米。2019年9月，本路線蛇車字軌改派富豪B8L 12米（V6B），惟已於翌年5月撤離，並加入原268C及269C線的Enviro500 MMC 12.8米（3ATENU）行走。同年7月加入原968線配「城市脈搏」塗裝的Enviro500 MMC 12.8米行走（惟已全部撤離）。2021年7月，其中一輛Enviro500 MMC 12米（ATENU598／TM7037）轉由九龍灣（Ｌ）車廠管理，令本路線再次有該廠派車，而且受港鐵屯馬線全線通車影響，導致部份原有乘搭本路線往返屯門至土瓜灣及九龍城的乘客流失至港鐵，全線亦改派Enviro500 MMC 12米（ATENU）行走。2022年8月，才再次引入富豪B8L 12米（V6B）並作為主力用車。

屯門市中心開，經：
屯門鄉事會路，海珠路，海皇路，皇珠路，屯門公路，屯門公路轉車站，屯門公路，青朗公路，青衣西北交匯處，長青公路，長青隧道，青葵公路，支路，呈祥道，龍翔道，龍蟠街，鳳德道，蒲崗村道，彩虹道，太子道東，太子道西，馬頭涌道，木廠街，土瓜灣道及新碼頭街。