本路線提供顯徑、隆亨、大圍及美林往來梨木樹、葵涌、荔景及美孚的巴士服務，於1990年4月20日隨城門隧道通車翌日開辦，以取代48A線的原有部份地區。

初時往來秦石至荔景（南），於沙田區途經大圍、田心、隆亨、顯徑及美林，往沙田方向更繞經青山公路及葵涌東北一帶的和宜合道。1991年5月26日隨城門隧道轉車站啟用，總站改為顯徑及美孚，不途經荔景及葵涌東北，取代45X線（秦石至荃灣碼頭），成為城門隧道巴士路線中唯一以九龍市區為總站的路線（據資深巴士愛好者容偉釗指出，當年本路線按行車里數，最高只可收$3.50，為遷就47X及48X線的距離及全程收費（當時為$4.00），本路線需要延長至美孚），秦石一帶的服務由修改走線及總站後的47X線替代，荔景一帶居民只能於繁忙時間乘搭本路線的特別班次（1994年2月21日起正名為46P），1992年4月6日起下午繁忙時間往美孚方向改經荔景山路。

1995年3月31日起荔景（南）總站因興建社區會堂工程永久封閉，46P線平日早上由荔景（南）至顯徑特別班次取消，改由本路線於平日早上時間改經荔景山路取代。後來為方便荔景居民全日都能乘搭城門隧道巴士線，便於1996年4月27日於非繁忙時間途經荔景山路，同年11月1日改經清麗苑及荔園舊址（現為荔欣苑及盈暉臺），再於2000年6月29日全日途經荔景山路。本路線於2001年2月25日起改為全空調服務，是荔景區日間路線中，最早改為全空調服務的。

本路線於2015年9月加入Enviro500 MMC 12米（ATENU）行走，同年12月加入Enviro500 12米（ATE）行走（已撤離），並於2016年4月全線低地台化。自從Dennis Trident 12米掛牌車（ATR121／JA1479）在2017年3月10日退役後，其字軌一直懸空。直至同月23日，終於加入1輛Enviro500 MMC（ATENU1216／US129）取代前者。同年9月加入兩部高載版富豪B9TL 12米（AVBWU），取代兩部年事已高的Dennis Trident（ATR）。同年10月起，本路線先後引入9輛配置新一代車隊色彩「城市脈搏」塗裝的Enviro500 MMC（ATENU1246、1248、1256、1261、1263-1265、1281、1293）作掛牌車，其中（ATENU1248／VB4398）於2018年3月被調往280X線，由一部同樣配置「城市脈搏」塗裝的富豪B9TL 12米（AVBWU772／VH3521）替代，惟同月尾再度以Enviro500 MMC（ATENU）代替所有富豪B9TL 12米。

由於本路線是大圍及荔景唯一一條全日經城門隧道的巴士路線，客量相當龐大，繁忙時間例必頂閘，非繁忙時間也能坐滿座位，也是於城門隧道轉車站中，最多乘客等候的路線之一，根據九巴乘客量調查，46X線現時有約3成的乘客利用上述的轉乘安排往來荃灣及大圍一帶。故此，九巴及運輸署於《2018-2019年度巴士路線計劃》中，建議由本路線抽車，於星期一至五早晚繁忙時間提供由顯徑、大圍直達荃灣的服務，編號為46S（第二代），依本路線走線至昌榮路後，改經青山公路及大河道，往返荃灣（如心廣場），讓該帶居民可以不必轉車直達荃灣區。相關建議獲沙田區議會交通及運輸委員會通過後，結果要延遲接近2年後，46S線才於2020年4月27日起投入服務，本路線則調整班次。

值得一提，本路線現時擁有以下紀錄： 　　

• 唯一一條以九龍市區為總站的城門隧道巴士路線。
• 本路線雖因主要針對沙田往返荃灣及葵青區的客源，而使用了荃灣及葵青區路線編號（30-49），但因當年的路線重組，走線延長至美孚（該總站位於深水埗區）。
• 現時用車最多的城門隧道巴士路線，全線共派車29輛。
• 本路線曾由荔枝角車廠（L）及沙田車廠（S）同時派車行走，2012年5月12日起，全線改由沙田車廠（S）派車，成為眾多途經城門隧道的全日路線中，唯一一條全線由沙田車廠（S）派車的路線。但由美孚開出的頭班車會由904線之柯打車負責。
• 兩輛披上「80M巴士專門店」的「小飛俠」卡通全車身廣告的Dennis Trident 12米巴士（ATR172／JE1364、ATR428／HN9680，後者為前龍運巴士車隊成員），分別於2011年5月1日及2012年1月27日上掛本路線（現時兩輛車之廣告已被除下，後者改以披上九巴之友全車身廣告直至其退役），成為本路線用車的特色。
• 由顯徑及美孚開出頭車為0515，為駛經城門隧道的全日巴士路中，兩邊頭車時間最早的一條。