本路線提供天水圍市中心、美湖居、天頌苑、天瑞邨及天耀邨往來黃大仙、彩虹、九龍灣、觀塘的巴士服務，開辦本路線的原因，是於二十世紀九十年代天水圍開始開發時，同一時間東九龍不少屋邨需要重建，部份東九龍原有居民遷入當年天水圍的新屋邨，而遷入天水圍的中小學生及居民大部份仍於東九龍上課及工作，這需求足以開辦一條巴士路線由元朗區至東九龍之間，因此本路線應運而生，於1994年4月26日起投入服務。

初時由天瑞開往藍田地鐵站（現稱藍田站），只於平日早上繁忙時間提供服務，並取道元朗大馬路。當年屯門公路經常出現擠塞，為避免延誤行車時間，本路線途經新界環迴公路（現稱新田公路及粉嶺公路）、吐露港公路及大老山隧道，同年10月17日增設下午回程，1996年11月4日增強為繁忙時間來回程服務，而本路線亦曾打入十大行車里數最長的路線之一，全程行車里數達到53公里。不過路程相當長，服務時間很有限，本路線客量持續偏低。

直至大欖隧道於1998年5月25日通車，本路線於翌日隨即改經，並改經汀九橋、長青隧道、青葵公路、呈祥道及龍翔道（畢架山花園及黃大仙），不再經新田公路、粉嶺公路、吐露港公路及大老山隧道，同時提升至每天全日服務，總站更改為天水圍市中心至觀塘碼頭。由於天水圍有很多樓宇不斷入伙，加上接駁九巴大欖隧道巴士路線往來新界西北其他地區，除了東九龍、新蒲崗、黃大仙的乘客外，還要兼負來自西貢及將軍澳的轉車乘客，因而需求急增，一年內客量急升90%，由最初繁忙時間最密13分鐘不斷增加至3分鐘一班，更曾創下九巴使用最多巴士的路線的紀錄－共48部車，而且全部都是十二米大型巴士。

由於客量非常高企，單靠本路線不能負荷整個天水圍及元朗區往九龍東區的乘客，因此在2000年7月17日起本路線增設平日早上單向由朗屏邨往觀塘碼頭的單向特別班次，在特別班次服務時段，常規班次往觀塘方向不經元朗，後為分流上下午繁忙時間天水圍及元朗往九龍東區的乘客，於2004年2月23日起分拆為三條路線，本路線改回平日繁忙時間行走，不經元朗市，繁忙時間由元朗至市區的服務由新線268C提供，非繁忙時間及假日的班次則改稱69C（第一代），行車路線與「改經大欖隧道後的269C」 （可按此進入瀏覽）相同，以方便居民識別。

本路線改為只於平日繁忙時間行走後，非繁忙時間及假日元朗居民便需乘搭第一代69C往來，導致繁忙時間及非繁忙時間需乘搭不同的路線，雖然車輛已有足夠指示，若然乘客不看清楚目的地就上車，容易引起混亂，往天水圍方向為了與輕鐵競爭，由元朗往天水圍更設有廉宜的分段收費$4.30（現時為$4.80），在元朗每個分站都有大量乘客上車往天水圍，客量足以把空載的車輛上滿，途經元朗起碼多花十五分鐘車程以上，加上繁忙時間分拆的效果理想，因此本路線由2004年8月15日起再次提升至每天全日服務，與268C線分家，分流天水圍及元朗往來市區的乘客，而第一代69C則停止服務。

不過，本路線在天水圍的服務範圍並未覆蓋天水圍北，居民需要利用大欖隧道轉車站網絡轉乘往來東九龍區，相當不便。因此，本路線於2005年10月3日起，增設平日早上繁忙時間天恩邨開出特別班次，取道天華路、天秀路及濕地公園路，方便天水圍北居民可以一程車直達東九龍區上班，同年11月7日起特別班次繞經美湖居。其後，九巴及運輸署於《2015-2016年度元朗區巴士路線計劃》中，建議本路線增設黃昏特別班次，由觀塘碼頭開往天水圍北，在大欖隧道轉車站後直接前往美湖居，然後經濕地公園路、天秀路及天華路，以天恩邨為終站。經元朗區議會交通及運輸委員會商討後，為避免乘客上錯車及引起混亂，本路線新增的黃昏特別班次及原有由天恩邨開出的早晨特別班次，獲獨立編號為69C（第二代），於2015年9月12日起投入服務。

為配合天水圍站原址興建的居屋屏欣苑於2018年末落成入伙，從而衍生對外交通需求，九巴及運輸署於《2017-2018年度巴士路線計劃》中，建議本路線平日早上由天慈開出特別班次，改經屏廈路（天水圍站）及洪天路，而不經天福路及朗天路。經元朗區議會交運會通過後，於2019年2月25日起實施，為屏欣苑居民提供直接前往東九龍區的服務。

九巴於2013年引入全新高載客版本Enviro500 MMC 12米（ATENU），本路線亦由2014年1月起逐步引入行走，進一步加強本路線的服務，當時全線掛牌車均為該款車款。因客量持續高企，本路線於2018年2月起引入4輛Enviro500 MMC 12.8米（3ATENU）作掛牌車，成為繼城巴機場快線A22、A29、A29P（即今A28線）及北大嶼山對外路線E22系列後，九巴首批採用「巨無霸巴士」 行走往返東九龍的巴士路線之一，九巴特意在電牌加上「九龍東特快」字句作宣傳。

踏入廿一世紀本路線逐步與多條路線提供轉車優惠，使乘客能更方便地往來天水圍及慈雲山、觀塘區其他屋苑、將軍澳、西貢。

題外話：本路線269C與另一條九巴路線296C，原來經常會令人混淆，就連九巴網頁新聞稿甚至報章亦常把這兩線混亂，可能兩線都途經觀塘道，同時曾經擁有第一代 Neoplan Centroliner 掛牌，但實質上沒有關連。