只列出以深圳各過境口岸為總站的常規巴士 ／專線小巴服務路線
| 以皇崗口岸為總站的過境巴士路線 | |
| 灣仔碼頭←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 藍田鐵路站←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 尖沙咀(柯士甸道)←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 旺角(鴉蘭街)←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 荃灣(愉景新城)←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 錦上路鐵路站←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 落馬洲←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 迪士尼樂園←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 香港國際機場←→皇崗口岸 | 詳細資料 |
| 以文錦渡口岸為總站的過境巴士路線 | |
| 上水←→文錦渡口岸 | 詳細資料 |
| 以沙頭角口岸為總站的過境巴士路線 | |
| 聯和墟←→沙頭角口岸 | 詳細資料 |
| 九龍塘鐵路站／沙田市中心←→沙頭角口岸 | 詳細資料 |
| 以深圳灣口岸為總站的過境巴士／專線小巴路線 | ||
| B2 | 元朗鐵路站←→深圳灣口岸 | 詳細資料 |
| B2P | 天水圍市中心←→深圳灣口岸 | 詳細資料 |
| B3 | 屯門碼頭←→深圳灣口岸 | 詳細資料 |
| B3A | 山景←→深圳灣口岸 | 詳細資料 |
| B3X | 屯門市中心←→深圳灣口岸 | 詳細資料 |
| 專線小巴618 | 天恩邨←→深圳灣口岸 | 詳細資料 (繁體) |
| 詳細資料 (簡體) | ||
| 香港國際機場←→深圳灣口岸 | 詳細資料 | |
| 以落馬洲鐵路站／福田口岸為總站的過境巴士／專線小巴路線 | ||
| B1 | 天水圍鐵路站←→落馬洲鐵路站 | 詳細資料 |
| 專線小巴75 | 元朗(福德街)←→落馬洲鐵路站 | 詳細資料 (繁體) |
| 詳細資料 (簡體) | ||