本路線提供港珠澳大橋香港口岸往返東涌市中心、港鐵東涌站及東涌西（滿東邨）的巴士服務，於2018年10月24日起配合港珠澳大橋落成通車而投入服務。

運輸署於2016年發表《港珠澳大橋香港口岸的本地公共交通服務安排》，建議在港珠澳大橋通車當日增闢一條往返東涌站的專線小巴路線，以及兩條專營巴士路線，一條往來香港口岸至機場、亞洲國際博覽館，另一條則往來港鐵欣澳站。有地區人士認為，運輸署原本建議設立的香港口岸至東涌站專線小巴路線，既不足以完全應付鐵路轉乘的客量，車廂亦沒有足夠空間存放行李。經考慮各方面意見後，署方遂決定改辦專營巴士取而代之，總站設在滿東邨，以期服務更多東涌居民；另開辦一條專線小巴路線往返東涌北，途經機場航膳區（該條專線小巴路線已於2017年7月28日刊憲招標，最後由冠忠巴士旗下的「冠亮發展有限公司」投得，編號為901）。

經過公開投標程序，運輸署於2017年11月29日公佈，往返港珠澳大橋香港口岸至東涌的路線由嶼巴投得，編號定為B6（即本路線），於2018年10月24日早上0900起隨港珠澳大橋落成通車而投入服務，也成為滿東邨於2018年10月落成後，首條以該處作總站的巴士路線。鑑於港珠澳大橋三地口岸（香港、澳門及珠海）提供24小時通關，為方便過境旅客，本路線更提供24小時全天候服務，並設有多條往返東涌北、東涌西（逸東邨）、石門甲、大嶼山南部的嶼巴路線轉乘優惠，開辦首年更設有全程優惠票價，直至2019年10月24日凌晨起才恢復原價。原建議為取道北大嶼山公路及順朗路往返，由於順朗路連接北大嶼山公路的西面支路，未能趕及在港珠澳大橋通車前啟用，走線需暫時途經赤鱲角南路、觀景路、東岸路及赤鱲角路至香港口岸，即使該支路已於同年11月30日早上0600通車，本路線仍未作出改道。

滿東邨於2018年11月全面入伙後，往返該處至東涌市中心的39M線客量不斷上升，甚至達到飽和程度，當區離島區議員郭平收到不少當區居民投訴登車困難，隨後郭氏聯同時任社區幹事方龍飛（後者於2019年區議會選舉於「逸東邨北」選區當選區議員）向離島區議會交運會提出議案，要求本路線增設分段收費，善用本路線在東涌市中心至東涌西的剩餘運載力，減輕39M線的負荷。最終議案獲得接納，本路線於2019年9月23日起，增設東涌市中心至滿東邨的單向分段收費。同日起，在未有發出乘客通告的情況下，本路線正式改經原建議的走線，取道北大嶼山公路及順朗路往返東涌及港珠澳大橋香港口岸，不再取道機場後勤區（觀景路、東岸路）。因應新型冠狀病毒肺炎疫情，政府壓縮香港與內地的跨境人流，本路線由2020年2月8日起縮減服務時間，並暫停通宵時段服務，直至內地當局宣佈，於2023年1月8日解除入境強制隔離，中港正式恢復通關，本路線才恢復原有時段服務。

本路線主要方便東涌西及東涌市中心居民、港鐵東涌線轉乘客於港珠澳大橋香港口岸，轉乘過境穿梭巴士往返澳門或珠海，與同樣接駁港珠澳大橋香港口岸至港鐵站的城巴B5線（往返港鐵欣澳站）互相競爭。由於港珠澳大橋距離東涌市中心最近，加上東涌市中心已有「東薈城名店倉」可供旅客購物，亦是轉乘其他巴士路線前往大嶼山南及往返市區／新界E線的集中地，因此本路線甫開辦，已經有大批乘客在港珠澳大橋香港口岸及東涌站等候本路線，尤其周末假日不少內地、澳門的「一日旅行團」均會安排團友乘搭本路線往來東涌市中心至香港口岸，令東涌站巴士站出現大排長龍的情況。

因應地區人士對本路線往港珠澳大橋大橋香港口岸方向在東涌站排隊情況的意見，運輸署決定將有關中途站臨時搬遷至達東路近公共廁所外的一段路旁，即東薈城巴士站後方、東涌臨時總站對出。初時計劃試行安排，由2019年1月28日至2月10日，其後延長至同年4月26日。與此同時，因應東薈城擴建計劃於2019年第一季落成，東涌市中心的臨時巴士總站原擬關閉並搬回原有位置。運輸署考慮到東涌市中心附近既有巴士總站設施不足夠應付乘客需求，向地政總署申請保留東涌臨時巴士總站，並獲得批准。2019年4月27日起，為配合東薈城名店倉擴建部份地下的永久巴士總站啟用，本路線往港珠澳大橋香港口岸方向改為停靠東涌臨時巴士總站（2020年1月24日（農曆年三十）凌晨起，改稱「東涌（達東路）巴士總站」），往滿東邨方向改經東涌市中心永久巴士總站，該總站於2020年1月24日（農曆年三十）凌晨起，與現有的「東涌站巴士總站」合併並改用後者名稱。惟本路線往港珠澳大橋香港口岸方向，由東涌西一帶巴士站上車要支付全費，而本路線主要的客源卻在港鐵東涌站及東涌市中心一帶，以致資源未能充份運用，而39M線於平日早上繁忙時間，於滿東邨經常出現大排長龍候車的情況。

在東涌地區人士及區議員爭取下，運輸署於2024年10月向離島區議會交通及運輸委員會提交諮詢文件，建議於星期一至五早上0700-0830時段前往港珠澳大橋香港口岸方向的本路線，駛至達東路（北行）後，改為繞經東涌站巴士總站，而不經東涌（達東路）巴士總站，然後經達東路（南行）返回順東路（東行）原有路線，駛往港珠澳大橋香港口岸，並獨立編號為B6S。與本路線不同，B6S線設有滿東邨至東涌站的短程分段收費，方便滿東邨及逸東邨居民有另一便宜選擇前往東涌站轉乘港鐵，同時舒緩39M線同時段的負荷。建議最終獲得落實，於2024年11月25日起實施。

值得一提，本路線與同是嶼巴營辦的港珠澳大橋香港口岸接駁路線B4（往返機場客運大樓、亞洲國際博覽館），並列香港首兩條提供全天候24小時服務的專營巴士路線，而且深宵時段並無收取較高票價，開辦香港專營巴士服務先河。

有關港珠澳大橋穿梭巴士詳情，可參「港珠澳大橋穿梭巴士介紹」標籤。

港珠澳大橋香港口岸開，經：
順匯路，赤鱲角路，順朗路，北大嶼山公路，東涌東交匯處，裕東路，順東路，達東路，東涌站巴士總站，達東路，順東路及裕東路(西行)。