本路線提供天水圍市中心、天恩、天恆、俊宏軒、美湖居、天頌苑、天瑞、天耀、港鐵天水圍站開往上環、中環、灣仔、銅鑼灣的清晨巴士服務，取道大欖隧道，於2021年8月15日清晨起投入服務，袛於每日清晨開出一班。

於《2021-2022年度巴士路線計劃》，城巴及運輸署建議通宵過海路線N969線往港島方向，改經屏山至藍地一段青山公路及屯門公路，並加停屯門公路轉車站，不再取道大欖隧道前往港島。建議於元朗區議會交通及運輸委員會討論期間，有委員指出方案增加往港島上早班的天水圍居民交通時間。同年6月的修訂方案，則保留尾班港島方向班次仍取道大欖隧道前往港島，其餘班次則依原建議方案作出走線修改，並增設由天水圍前往屯門市中心及屯門公路轉車站的短程八達通分段收費，方便深宵往返天水圍至屯門的乘客。

經修訂後的方案最終獲得落實，N969線往港島方向之改動於2021年8月15日凌晨起實施，而原有該線由天水圍開出之尾車（0510由天水圍市中心開出班次），則仍維持走線不變（即取道大欖隧道），該班班次並獲獨立編號為969N（即本路線），全程及分段收費與未改道前的N969線相同，於N969線改動實施當日投入服務。

值得一提，本路線是繼深宵過海隧巴962N線【置樂花園←→銅鑼灣（摩頓台），經掃管笏、青龍頭及深井，於2022年7月25日凌晨改稱N952】後，城巴以至香港第二條（現時為唯一一條）N字尾編號的專營巴士路線。本路線和主線N969現時為城巴全程收費最高的非機場路線，全程收費為 $39.20。

天水圍市中心開，經：
天恩路，天榮路，天城路，天華路，天瑞路，濕地公園路，天葵路，天龍路，天城路， 天恩路，天榮路，天瑞路，天湖路，天耀路，天福路，朗天路，唐人新村交匯處，元朗公路，青朗公路，青衣西北交匯處，長青公路，長青隧道，青葵公路，西九龍公路，西區海底隧道，干諾道西，干諾道中，林士街，德輔道中，金鐘道，軒尼詩道，怡和街及銅鑼灣道。