本路線提供清水灣泳灘、清水灣道（大坳門、下洋、上洋、孟公屋）、坑口道（水邊村、半見村）開往港鐵坑口站、將軍澳隧道轉車站、觀塘站、觀塘市中心及創紀之城／牛頭角站的巴士服務，於2016年8月22日起投入服務，為清水灣道（坑口道以南）沿線鄉村村民提供接駁港鐵及將軍澳隧道轉車站停靠的九巴路線的巴士服務，初時由清水灣開往坑口站，袛在星期一至五早上繁忙時間提供服務，由91線抽車行走本路線。

未有本路線以前，除泳季假日線91R外，清水灣、大坳門一帶與將軍澳區內各港鐵站之間並無日間專營巴士路線行走，當時九巴91線是清水灣道沿路居民來往市區的主要路線之一。隨著2002年港鐵將軍澳線通車，愈來愈多乘客選搭專線小巴103或103M線並於坑口或將軍澳站轉乘港鐵，91線接駁功能逐漸減退，客量亦明顯下降。九巴近年因應乘客需求轉變，除了2014年開始增闢泳季假日路線91R外，2016年更建議試辦新路線，由清水灣單向開往坑口站，編號為91S（即本路線），方便居民前往坑口轉乘港鐵，舒緩早上繁忙時間由清水灣地區往市區或將軍澳的交通需求，減輕新界專線小巴16、103、103M線於清水灣道（坑口道以南）沿線登車困難的問題。運輸署於2016年2月以傳閱文件方式，向西貢區議會交通及運輸委員會諮詢地區人士意見，最終本路線的建議獲得落實，於2016年8月22日起投入服務。

2020年，時任坑口東選區區議員李賢浩，曾多次要求增加本路線班次及增設回程服務，惟運輸署及九巴卻未有積極回應。適逢位於將軍澳隧道九龍入口的「將軍澳隧道轉車站」啟用在即，於同年9月，有區議員向西貢區議會交通及運輸委員會提出議案，要求本路線延長至將軍澳隧道轉車站，方便清水灣道（坑口道以南）沿線鄉村村民於將軍澳隧道轉車站接駁前往九龍市區的九巴路線，惟當時運輸署以延長路線後可能需調整收費為理由而拒絕。隨著將軍澳—藍田隧道於2022年12月11日正式通車，舒緩了將軍澳隧道長久以來的交通擠塞壓力，在居民及地區人士不斷要求下，運輸署於2023年4月向西貢區議會交通及運輸委員會呈交傳閱文件，指出在署方及九巴協調後，同意接納當年西貢區議會建議延長本路線的提案，走線在駛至坑口站公共運輸交匯處後，繼續取道培成路、常寧路、寶寧路、寶順路、將軍澳隧道公路及將軍澳隧道，以將軍澳隧道轉車站（南行）為終點站，並加至早上三班車。相關方案於2023年5月22日起實施。

本路線初時兩邊總站均屬於西貢區，因而成為當時唯一一條兩邊總站均在西貢區內的早晨特別路線，不過不少市民習慣把將軍澳及清水灣視為兩個區域，以為本路線是跨區路線，主要原因是很多市民誤把將軍澳視為屬九龍區，而且將軍澳與清水灣行車距離較遠。另外，本路線全程行車里數只有7.1公里，按「最高准許收費」9公里的界限，本路線收費實際應為$5.10（現時為$5.80），不過本路線收費定為與91線看齊（現時收費為 $8.40），遠比實際收費為高。本路線延長至將軍澳隧道轉車站後，全程行車里數延長至10.9公里，但全程收費維持不變。

由於98B線兩班由坑口開出、直接駛往將軍澳隧道的班次，載客量持續偏低，據《2024-2025年度巴士路線計劃》的數據，載客量只有12%，為善用資源及本路線運載力，九巴及運輸署於該計劃內，建議取消98B線上述兩班經寶順路的班次，改為延長本路線終點站至觀塘市中心替代，走線由坑口道起改經寶寧路、常寧路、重華路、培成路至坑口站後，繼續依原有路線至將軍澳隧道轉車站，再依98B線相同走線至觀塘道西行近觀塘市中心為終站，途經觀塘站及牛頭角站。建議獲西貢區議會交通及運輸委員會通過後，於2024年9月30日起實施，而車頭的電子地點牌亦改為顯示「觀塘及牛頭角站」，以示本路線可直達觀塘市中心及港鐵牛頭角站。由2025年3月17日起，本路線改以觀塘道西行「創紀之城」巴士站作終站，不再途經觀塘道東行，並於觀塘道西行「aPM創紀之城五期」增設巴士站。

本路線投入服務後，曾一度取代新巴792M線（當時全程收費$6.90，現由城巴接辦），成為西貢區內常規巴士路線中，全程收費最高者；2021年4月4日四巴加價，本路線及新巴792M線全程收費一同調整至$7.80，兩線全程收費因而打成平手，2022年1月2日新巴再次調整票價，792M線全程收費調整至$8.20（現時為$9.40），取代了本路線的紀錄。2023年5月22日起，因終站延長至將軍澳隧道轉車站，本路線因而轉型為跨區路線，也曾成為首條及唯一一條以將軍澳隧道轉車站作終站的九巴專營巴士路線，直至2024年9月30日，本路線終點站進一步延長至觀塘市中心為止。目前，本路線仍是清水灣地區唯一一條取道將軍澳隧道轉車站，並參與相關轉乘計劃的九巴路線。