本路線提供屯門南、新屯門中心及龍門居往來港鐵荃灣站的接駁巴士服務，於1983年9月25日起投入服務，初時往來蝴蝶邨和荃灣地鐵站（現稱荃灣站）。當時皇珠路還未興建，本路線要繞經屯門工業區和屯門市中心才進入屯門公路，1986年1月20日皇珠路通車，本路線也由當天起取道皇珠路，不經屯門工業區和屯門市中心，1988年7月16日起遷往屯門碼頭新巴士總站。1993年10月15日起因261M（已取消）投入服務，為善用收車後的空調巴士而增設空調巴士行走，不過當時袛於平日開辦數班，其後才不斷增加空調巴士數量，2003年1月18日起改為全空調服務。

由於路線直接及班次頻密，本路線自開辦至今客量都相當高。乘客除了是屯門南居民外，更有不少是前往蝴蝶灣及接駁港鐵巴士K52線往來龍鼓灘遊玩的遊客，他們多是利用本路線接駁港鐵荃灣線往來蝴蝶灣和市區之間，這類乘客尤其在周末假日甚為明顯，故此在周末假日，本路線的客量也足以與平日上下班繁忙時間相比。即使九廣西鐵（現稱港鐵西鐵線）於2003年底通車，由於乘搭西鐵線需要多重轉車，本路線顯得直接方便，因此影響只是輕微。

為配合屯門公路轉車站（南行）啟用，本路線於2012年12月26日起往荃灣方向停靠該站，成為首批停靠該轉車站的巴士路線之一，方便乘客於該轉車站接駁九巴對外路線前往市區及沙田。2013年5月25日起，轉乘優惠擴展至停靠該轉車站的屯門／元朗至荃葵青區巴士路線。同年7月27日起屯門公路轉車站（北行）啟用，往屯門方向亦加停該處（上車點位於屯門公路兄弟橋側），並增加轉乘優惠。

九巴及運輸署於《2017-2018年度巴士路線計劃》，建議削減走線幾乎相同、但由龍門居開出的259E線的服務，改為袛於星期一至五0600及0630開出兩班，本路線由新屯門中心開出的早晨特別班，則增加班次及繞經龍門居巴士總站，以替代本路線於原有服務時段的服務。但建議出爐後，遭受多名屯門區議員以新屯門中心上車的居民需加長行車時間，及重組後整體班次比重組前少了兩班車，認為會令龍門居居民上車出現登車困難為理由反對，計劃最終擱置。

因應本路線客量在屯門公路轉車站啟用後進一步上升，於該處經常有大量乘客等候（尤以前往屯門碼頭方向為甚），2015年起引入富豪超級奧林比安12米（3ASV）、Enviro500 MMC 12米（ATENU，已撤離）及高載版富豪B9TL 12米（AVBWU）行走。2016年10月起，更先後引入10輛Enviro 500 MMC 12.8米（3ATENU）作掛牌車（2018年8月7日起再由荔枝角（Ｌ）廠調入8輛同款巴士），成為繼263、60M、58M／58P、67M線後，引入「巨無霸巴士」的九巴屯門區路線。

由於59X及265B線加入新出牌、配「城市脈搏」塗裝的巴士，本路線接收來自兩線的高載版富豪B9TL 12米（AVBWU），最終於2018年4月全線派車直梯化。於2018年11月，其中兩輛配置Voith波箱的富豪B9TL（AVBWU）分別調往九龍灣車廠（K）及荔枝角車廠（L），換入配ZF波箱的Enviro500 MMC（ATENU）行走。2019年4月，因應61M線需要大量加入高載車及52X線加入富豪B8L，加入原屬52X線的Enviro500 MMC（ATENU）行走，以取代被調往61M線的高載版富豪B9TL（AVBWU）。