本路線提供屯門南（龍門居、新屯門中心、蝴蝶邨、湖景邨及兆禧苑）、海皇路（御海灣）往返黃大仙、彩虹、九龍灣、觀塘、藍田、油塘的巴士服務，於1994年7月28日起投入服務，最初只提供平日早上由屯門碼頭單向往藍田地鐵站（現稱藍田站）的服務，同年11月2日起增設下午回程，1998年8月18日起來回程改經新通車的汀九橋、長青隧道及青葵公路。

屯門居民不斷爭取62X線全日服務，結果「爆冷」由本路線於2001年7月1日起提升至每天全日服務，總站延長為龍門居至油塘，並非預料的62X線提升服務。在62X線服務時間以外，更會繞經豐景園、安定、友愛及屯門市中心。初時油塘總站位於鯉魚門邨對出，2012年7月2日起配合油塘大型商場「大本型Domain」基座的永久公共運輸交匯處啟用而遷往該處，原位於欣榮街的巴士總站則關閉作鯉魚門邨第三期發展，並獲命名為鯉魚門邨鯉旺樓，其基座則重置巴士總站，命名為「鯉魚門邨」。配合該巴士總站啟用，本路線由2016年5月15日起遷往該處，但由該總站開出後，仍會繞經油塘公共運輸交匯處。

本路線提升至全日服務後，客量不斷上升，班次由最初12-25分鐘一班加密至現時的7-20分鐘。乘客除了是屯門南居民外，更有不少是前往蝴蝶灣及接駁港鐵巴士K52線往來龍鼓灘遊玩的遊客，這類乘客尤其在周末假日甚為明顯，故此在周末假日，本路線的客量也足以與平日上下班繁忙時間相比。

為配合屯門公路轉車站（南行）啟用，本路線於2012年12月26日起往油塘方向停靠該站，成為首批停靠該轉車站的巴士路線之一，方便屯門其他地區乘客於該轉車站接駁本路線前往東九龍區。2013年7月27日屯門公路轉車站（北行）啟用，往屯門方向亦加停該站（上車點位於屯門公路兄弟橋側），並增加轉乘優惠。

九巴及運輸署於《2014-2015年度屯門區巴士路線發展計劃》，因應屯門碼頭一帶早晨特別線的客量受屯門公路轉車站影響而進一步下跌，建議取消259C、259E線，並利用騰出的資源，開辦一條由屯門公路轉車站直達九龍灣商貿區及觀塘商貿區、觀塘碼頭的259X線，同時亦將本路線早上繁忙時間部份班次改為途經九龍灣商貿區並以觀塘碼頭為總站的特別班次，兩者由屯門公路轉車站起不停站直達九龍灣商貿區，並取道啟祥道、宏光道、常悅道及偉業街，方便屯門區乘客前往九龍灣及觀塘商貿區一帶，以節省下車後步行或轉乘其他交通工具前往最終目的地的時間。於翌年《2015-2016年度屯門區巴士路線計劃》，則因應區議員及地區人士的意見，保留259C及259E線，而259X線增設一班由龍門居開出的班次，並於屯門公路轉車站設定時點，以取代原計劃本路線早上繁忙時間部份班次改為途經九龍灣商貿區並以觀塘碼頭為總站的特別班次的建議。最後修訂後的改動建議得到落實，259X線於2015年12月28日起投入服務。

由於本路線於屯門區內由豐景園至屯門市中心的走線與62X線相反，為免令乘客誤會及配合東九龍一帶的發展，運輸署及九巴於《2016-2017年度巴士路線計劃》中建議62X線提升至全日行走，非繁忙時間每30分鐘一班，而本路線則全日不再途經豐景園、安定、友愛及屯門市中心。惟該區的區議員仍認為方案不足以應付乘客需求，因此要求提升62X線非繁忙時段班次至每20分鐘一班及進一步加強繁忙時間的服務，而且必須獨立派車。最終運輸署及巴士公司以資源所限為由，於同年6月提交的修訂方案中擱置有關計劃，惹來區議員質疑巴士公司擱置方案與議會的意思背道而馳。

相隔5年後，於《2021-2022年度巴士路線計劃》，九巴及運輸署再度將當年計劃內62X線提升至全日服務及本路線全日不再途經豐景園、安定、友愛及屯門市中心的建議再度提出，總站並延長至兆康站（南）及加停屯門公路轉車站。經屯門區議會交通及運輸委員會討論後，九巴於同年6月修訂有關方案，將62X線平日早上繁忙時間往九龍方向的班次維持原有走線及班次不變，並獨立編號為62P；早上繁忙時間過後、假日全日往九龍方向班次及所有往屯門方向班次，總站按原建議延長至兆康站（南），並延長尾車時間至分別0000及0100由兆康站（南）及鯉魚門邨開出。修訂建議終於獲得落實，62X線於2021年12月19日提升至全日雙向服務及延長總站，本路線則全日不再途經豐景園、安定、友愛及屯門市中心，而62P線亦於翌日（12月20日）起投入服務，長達20年爭取62X線提升服務的行動才正式告一段落。

本路線提升全日服務後，派出當時為最新車型，首批擁有電子路線牌的富豪超級奧林比安12米（3ASV）行走，是九巴官方首條採用「歐盟三型」引擎空調巴士的路線，可見九巴對本路線的重視；後來部份車隊換入香港罕見的澳洲Volgren CR223LD車身MAN猛獅24.310（AMN）低地台雙層空調巴士，同樣配置「歐盟三型」D2866-LOH27引擎，特點是所有座椅均向車頭方向，成為本路線的一大特色，該批巴士於2009年12月25日被調往屯門廠其他路線服役。由2012年3月19日起，本路線引入2部歐盟五型引擎富豪B9TL 12米低地台雙層空調巴士（AVBWU，已撤離）行走，為本路線首次引入直梯巴士，亦成為首條經龍翔道的巴士路線引入該款巴士，2014年3月起更先後引入4輛Enviro500 MMC 12米低地台雙層空調巴士 （ATENU119、134、135、247）作掛牌車，其中ATENU135／SH2747為英國Alexander Dennis廠方生產的首三輛Enviro500 MMC新車之一，與ATENU1／RZ5946同為樣版車，設有86個上層及45個下層座位，惟於2013年11月5日行駛N260線期間，在屯門公路油柑頭段與三部貨車相撞（當時此車僅出牌行走第五天），導致下層車頭嚴重損毀，其後在2014年4月3日復出行走並上掛本路線（已被調走）。

由於本路線不需要途經任何低排區，亦不需柯打任何途經低排放區的路線，2015年12月6日起，本路線再次引入車齡較高的丹尼士三叉戟12米（ATR），平均車齡是屯門車廠（U）派車的路線當中的最高（15.97年），一度成為「養老線」。在2016年初，因應該批車輛年事已高需要退役，本路線換入來自268C及61X線，車齡較新的同款巴士（部分曾為本路線掛牌車），同時開始重新引入Enviro500 MMC（ATENU），逐漸降低平均車齡，於2016年10月31日全線車隊已換成該款巴士。2018年3月，本路線屯門車廠（U）派車加入Enviro500 MMC 12.8米（3ATENU）行走，同年8月開始加入12.8米「城市脈搏」塗裝版本的同款車型（3ATENU197-205），成為屯門區首條採用該款12.8米「城市脈搏」塗裝版本巴士作掛牌的路線。然而12.8米用車均於同年10月與258D線交換用車，由原屬該線配金色塗裝的12米同款車型（ATENU）取代，直至2019年5月才恢復引入Enviro500 MMC 12.8米（3ATENU）。

九巴於2018年1月招標209輛歐盟六型引擎巴士，同年7月由富豪車廠投得合約，向九巴供應150輛量產版富豪B8L，為首款配置歐盟六型引擎的九巴量產巴士。該款巴士採用香港專營巴士首次出現的Wright Eclipse Gemini 3車身，並於樓梯旁備有玻璃幕牆，採用第一代「城市脈搏」塗裝，所有座椅設有安全帶。該批巴士於2019年3月起陸續出牌，編號定為V6B，本路線於同年4月上掛一部（V6B5／WA9445），成為首批擁有富豪B8L量產版巴士掛牌車的專營巴士路線之一，也是九巴首條採用該車款作掛牌車的東九龍路線，但該款巴士同年9月撤出本路線並調往960線。2020年7月，本路線加入歐盟六型引擎Enviro500 MMC 12.8米（E6X）作掛牌，同年8月再次引入富豪B8L 12米（V6B，是次全屬九龍灣（K）廠）作掛牌。

由2002年起本路線逐步與多條路線提供轉車優惠，使乘客能更方便地往來屯門南、屯門泳池及慈雲山、觀塘區其他屋苑、將軍澳、西貢。