本路線提供屯門寶田、良景、田景、大興及山景往來九龍東部的巴士服務，於1993年3月15日起投入服務，是新界西北區第二條直達九龍東區的巴士路線（第一條為62X），亦是首條以「晨早特別線」名義開辦的九龍東路線，初時往來良景至藍田地鐵站（現稱藍田站），只在平日上午繁忙時間提供屯門往九龍東，及下午繁忙時間提供九龍東返回屯門的單向服務。

本路線在運作初期，當早上由良景開出的巴士抵達藍田地鐵站後，便會改行62X線空調特別班次開往屯門市中心，而下午62X線亦會開出空調特別班次由屯門市中心單向往藍田地鐵站，然後改為行走本路線回程班次。在本路線提升至每天全日服務前，運作方式一直沒有多大改變。

259D線於2001年7月1日起「爆冷」地提升至每天全日服務，令屯門市中心及屯門南全日有直達巴士路線往來九龍東區，良田、大興及山景區居民認為對他們不公平，加上本路線當時服務時間有限，未必滿足到他們的實際需要，一些非法經營的「村巴」便乘虛而入，在本路線服務時間以外，或每班車抵達車站前，向站上的乘客招手，意圖從中取利。有見情況越見猖獗，加上居民及區議員不斷爭取，及因應部份被清拆的鑽石山大磡村居民被編配入住屯門寶田邨，構成實質對外巴士需求，本路線於2004年5月8日起提升至全日服務，成為屯門區第二條全日往來東九龍的路線。由於良景巴士總站已告爆滿，本路線在提升至全日服務同時，屯門區總站由良景遷往寶田。

為配合屯門公路轉車站全面啟用，及減輕於屯門公路轉車站接駁259D線的壓力，由2013年10月5日起，本路線來回程均繞經屯門公路轉車站（南行位於小欖交匯處，北行位於屯門公路兄弟橋側），並提供轉乘優惠，俾使元朗及屯門其他屋苑區居民更方便往來東九龍區。

由於本路線途經屯門工業區，亦經過香港專業教育學院（屯門分校），本路線提升服務後，繁忙時間有很多東九龍居民前往屯門工業區上班，亦有很多居住在東九龍區的 IVE 學生乘搭本路線上下課，而居住在寶田、良田、大興邨及山景邨的居民，大部份是前往市區上班，因此繁忙時間兩邊方向都滿載乘客；而假日則有不少人前往東九龍遊玩及購物，因此客量相當不俗。但本路線一直沒有設與西貢及將軍澳區之轉乘優惠，為人詬病，直至2009年9月才提供西貢及將軍澳區路線轉乘優惠。

2004年本路線提升至全日服務時，屯門車廠派出富豪奧林比安11米（AV，於1996年出牌，已於2012年全線撤離）及兩輛猛獅24.310 12米（AMN34、AMN35）行走；九龍灣車廠則派出四輛斯堪尼亞N113 11.5米（AS，已全面退役）行走。由於本路線客量高企，於2005年，屯門車廠改派原66X線的丹尼士巨龍12米（3AD）。2006年，屯門車廠加入低地台巴士服務，用車為兩輛丹尼士三叉戟12米（ATR3／HU5515、ATR74／HY2312）。2008年，屯門車廠為了令車長熟習採用中國製「上海鴻隆」電子路線牌箱，該兩部派車由ATR145／JC894、ATR154／JC7947取代。直至2013年，餘下的丹尼士巨龍12米被丹尼士三叉戟12米取代，本路線全線低地台化。隨後，本路線曾在2015年曾加入Enviro500／Enviro500 MMC（ATEU、ATENU）行走，其後於2016年5月下旬再度加入原269D線的Enviro500 MMC（ATENU）行走。2018年10月起，加入原259D線的「城市脈搏」塗裝Enviro500 MMC 12.8米（3ATENU197-205、207-209、216）作掛牌車，以增加運載力。